Koniec lat 80. w historii rajdu Dakar zapisał się emocjonująco. W 1988 r. w wyścigu wzięła udział rekordowa liczba uczestników: 603, więcej było ich tylko w 2005 r. (688 pojazdów). Było to też rok rekordowy pod względem uczestników, którzy odpadli na jednym etapie (ok. 100).
Rok 1989 także okazał się ważny: zmieniono trasę, która omijała Algierię i prowadziła z Paryża do Dakaru przez Tunis.
Przez dwa kolejne lata trasa wiodła przez Trypolis. W wyścigu z 1991 r. po raz pierwszy wziął udział Stephane Peterhansel, zawodnik wygrywający połowę rajdów Dakar, w których wystartował.
W 1992 r. rasa po raz pierwszy wiodła nie do stolicy Senegalu, tym razem miejscem zakończenia wyścigu był Kapsztad. Ten rok zapisał się w pamięci jako pierwszy, w którym wykorzystano GPS. Uczestników nie powstrzymały burze piaskowe, wojna w Czadzie i wylewająca rzeka w Namibii.
Następny rok okazał się kryzysowy dla rajdu, w którym udział wzięło zaledwie 154 zawodników, najmniej w całej jego historii, do tego jedna trzecia uczestników utknęła w pustynnych piaskach. Peterhansel zdobył swój trzeci mistrzowski tytuł.
W 1993 r. ojciec Thierry’ego, Gilbert Sabine, sprzedał prawa do wyścigu organizacji Amaury Sport Organisation Group, koniec wyścigu znów umiejscowiono w Dakarze. Pierwszą poważną zmianą wprowadzoną przez ASO była rok później nowa trasa wyścigu, wiodąca z Paryża przez Dakar i na powrót do Paryża. Przez następne dwa lata (1995-1996) miejscem startu Dakaru była Grenada.
W 1997 r. to Dakar był miejscem startu i zakończenia wyścigu, który prowadził przez Agadez w Nigerze. Jutta Kleinschmidt była pierwszą kobietą, która wygrała odcinek specjalny rajdu, a do tego zajęła wysokie piąte miejsce w ogólnej klasyfikacji. Peterhansel zdobył piąty tytuł, a jego celem stało się jeszcze jedno zwycięstwo, aby pobić rekord, co udało mu się w następnym roku, który był jego dziesiątym startem w rajdzie.
W 1998, w dwudziestolecie rajdu, trasa znów prowadziła z Paryża do Dakaru, ale już rok później miejscem startu ponownie, po raz trzeci, została Grenada.
Dla uczczenia startu nowego tysiąclecia wyścig po raz pierwszy odbywał się z zachodu Afryki na wschód, z Dakaru do Kairu, gdzie miał zakończyć się w cieniu piramid. Z powodu zagrożenia terrorystycznego na terenie Nigru organizatorzy przerwali na kilka dni wyścig, aby mostem powietrznym przerzucić ludzi i sprzęt do Libii, skąd kontynuowano wyścig.
