Rajd z 2001 roku pod wieloma względami był wyjątkowy: wyróżniał się najdłuższą trasą w XXI wieku – 10 219 km (rerkordem jednak pozostaje dystans 15 000 km z 1986 r.), był pierwszym rajdem Dakar wygranym przez kobietę – Juttę Kleinschmidt w kategorii samochodowej, ostatnim, który miał swój start w Paryżu, choć nie ostatnim ze startem we Francji. W roku organizatorzy zapragnęli również wrócić do korzeni wyścigu, co zaowocowało mniejszą pomocą z powietrza dla uczestników na rzecz pomocy z pojazdów towarzyszących. W kolejnym roku rajd do Dakaru prowadził z Arrasu przez Madryt.
Rok 2003, ze startem w Marsylii a finałem w egipskim Szarm el-Szejk, przyniósł ze sobą pierwsze poważne zagrożenie terrorystyczne. Na granicy Libii i Egiptu pod ciężarówką serwisową zespołu KTM wybuchła mina. Nikt nie zginął, ale organizatorzy zatrzymali kolejne pojazdy, a saperzy spędzili noc na sprawdzaniu tego odcinka trasy.
W 2004 r. po raz ostatni rajd startował we Francji, w Clermont-Ferrand. W tym roku Stéphane Peterhansel do sześciu zwycięstw w kategorii motocyklowej dołożył zwycięstwo w kategorii samochodów – był drugiem uczestnikiem w historii, który wygrał w dwóch kategoriach (pierwszym był Hubert Auriol).
W kolejnym roku wyścig rozpoczął się w Barcelonie, a Peterhansel znów udowodnił swoją wyższość w kategorii samochodowej.
W latach 2006-07 rajd zaczynał się w Lizbonie. W 2008 r. ponownie miał się tam rozpocząć, jednak z powodu zagrożenia atakiem terrorystycznym i napiętej sytuacji w Mauretanii, gdzie zaplanowano osiem etapów i dzień serwisowy, wyścig w ogóle się nie odbył.
Rok 2009 oznaczał kolejne przeniesienie rajdu Dakar – tym razem aż do Ameryki Południowej.
